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So buntschillernd die Legende um Klaus Störtebeker ist, so wenig weiß man über die historischen Persönlichkeit. Nicht weniger als 20 Geburtsorte werden in der Literatur genannt. Und auch die gesellschaftliche Herkunft von "Bruder Klaus" läßt durchaus den Interpretationen und wilden Spekulationen freien Lauf:
Doch gibt es ja durchaus historisch belegbare Indizien, die ein wenig Licht in die verschwommene Lebensgeschichte des Klaus Stoertebekers bringen. Die erste namentliche Erwähnung findet Klaus Störtebeker im "liber proscriptorum", dem "Wismarer Buch der Ächtungen", das Ausweisungen aus der Stadt und andere Strafen dokumentiert. Hier findet 1380 ein Vorfall Erwähnung, bei welchem zwei Männer der Stadt verwiesen wurden, weil sie einen dritten derbe verprügelten. Diese dritte Person war ein Nicolao Stertebeker. Die "Karriere" Störtebekers beginnt also mit einer Opferrolle, die möglicherweise seine vorletzte gewesen sein wird.
Erstmals als Täter taucht der Name Störtebeker 1394 in einer Klageschrift von Heinrich IV. von England auf, der sich über geraubte Schiffe und Waren beklagt und Schadensersatz verlangt. Allein 14 mal taucht der Name des Freibeuters (in allerdings verschiedenen Schreibweisen) in der Schrift auf, und lediglich ein einziger anderer Name findet hier häufigere Erwähnung: Goddekin Mighel. Hiermit ist mit ziemlicher Sicherheit wohl jener Zeitgenosse gemeint, der heute unter dem Namen Godeke Michels bekannt ist.
Ein weiteres Indiz dafür, daß Störtebeker und Michels damals zunächst gemeinsam die Meere unsicher machten, findet sich in der lübischen Chronik des Johannes Rufus, der für das Jahr 1395 vermerkt, daß die Seeräuber, unter ihnen Godeke Michelis und Clawes Stortebeker, großen Schaden angerichtet hätten.
Nachdem sich nur wenige Freibeuter vor 1395 in der Nordsee (hieß damals noch Westsee) hatten sehen lassen, so beispielsweise 1390 in der Wesermündung, blieb vielen Kaperern sehr bald kaum noch eine andere Möglichkeit als eben diese. Denn am Ende des 14. Jahrhunderts waren die verbliebenen Säbel- und Messerschwinger auf Gotland für beinahe alle zum Dorn im Auge geworden. Durch ihren überbordenden Aktionismus in der Ostsee brachten sie die Hanse, Dänemark und nicht zuletzt auch den Deutschen Ritterorden gegen sich auf. Dieser befürchtete ein Bündnis der Vitalienbrüder mit der 1386 vollzogenen Union aus Polen und Litauen und somit natürlich seine eigene Macht schwinden. Deshalb sah sich der Hochmeister des Ordens, Konrad von Jungingen, veranlaßt, in aller Stille eine gewaltige Flotte zusammenzuziehen: 4.000 Mann mit 400 Pferden auf 84 Schiffen.
Am 17. März startet die Armada, unter der Führung von Johann Pirts von Danzig, Richtung Gotland, das nach bereits 4 Tagen erreicht wird. Trotz der Wehrhaftigkeit der gewaltigen Stadtmauern von Visby und der Verteidigungsbereitschaft der Ostsee-Hasardeure, müssen sich die verschanzten Seeräuber-Horden bereits am 5. April der gewaltigen Übermacht ergeben.
Doch vielen Vitaliern gelingt ein Entkommen. Ein Teil flüchtet sich an die unübersichtliche finnische Küste, viele, unter ihnen auch Störtebeker, bevorzugten die Nordsee. Hier wurden ausnahmslos alle Raubritter der Meere von den chronisch verfeindeten Häuptlingen der ostfriesischen Küstenregion mit offenen Armen empfangen. Immerhin war jeder einzelne Pirat ein potentieller Verbündeter gegen den nachbarschaftlichen Konkurrenten. Ein idealer Unterschlupf also für die zunächst versprengte Schar der Liekedeler.
Klaus Störtebeker ist nicht das erste Mal in diesen Gefilden zu finden. Bereits am 13. Januar 1396 soll Störtebeker in Marienhafe erstmals vor Anker gegangen sein, so will es der Chronist und Pastor Bernhard Elsenius herausgefunden haben. Marienhafe, ein Ort, der durch die schweren Sturmfluten von 1374 und 1377 urplötzlich Zugang zum Meer hatte und somit zum wichtigsten Ort des Brookmerlandes zwischen Norden, Aurich und Emden wurde. Und dies nicht nur für die Piraten, die über das Störtebeker-Tief bis an die Stadtmauern von Marienhafe schippern konnten, sondern auch für den Güterumschlag der Großregion.
Der Ort war zur damaligen Zeit einer der bedeutendsten friesischen Marktorte, an dem Waren, aus allen Himmelsrichtungen kommend, ihren Besitzer wechselten. Heute kündet von der damaligen Bedeutung Marienhafes nur noch die alte Kirche, deren gewaltiger viereckiger Turm damals den Schiffen den Weg wies. Mit seinen 6 Etagen, von denen heute leider nur noch drei stehen, ragte er 60 Meter hoch in den Himmel. Und seine Mauern waren bis zu 3 Metern dick. Der Raum über dem Erdgeschoss wird heute Störtebekerkammer genannt, weil hier Stoertebeker gehaust haben soll.
Nach der Vertreibung von der Insel Gotland ist der Friesenhäuptling Widzel tom Brook einer der ersten, wenn nicht der erste Ostfriesen-Häuptling, der einige Vitalienbrüder bei sich aufnimmt. Zu ihnen soll auch Klaus Störtebeker gezählt haben. Jetzt schon in der Funktion eines Hauptmannes, und nun wahrscheinlich getrennt von Godeke Michels agierend. Andere Quellen sprechen vom Unterkommen im Bereich der Jade, insbesondere im Ort Schaar, wo der Häuptling von Bant, Edo Wiemken, so ca. gegen 1395/1396 den Meeresräubern Unterschlupf gewährt haben soll.
Nach der ersten militärischen Intervention Hamburgs im Frühjahr 1400 in Ostfriesland, ging Störtebeker nach Holland, Michels nach Norwegen. Von Holland aus fuhr Störtebeker wahrscheinlich im Auftrag des Grafen Holland nach Helgoland. Die Insel wurde Störtebekers Stützpunkt, von dem aus er den Englandhandel Hamburgs gefährdete. Diese Störung machte der Hansestadt so zu schaffen, daß sie sich entweder noch im Herbst 1400 oder im Frühjahr 1401 entschloß, eine Flotte nach Helgoland zu schicken, um der Piraterie ein Ende zu bereiten. Störtebeker und seine Mannschaft wurden überwältigt und die Überlebenden nach Hamburg gebracht, wo Störtebeker und seine Leute entweder am 21. Oktober 1400 oder 1401 mit dem Schwert hingerichtet wurden.